Perchée à plus de 3000m d’altitude, la lagune semble être apparue dans un ancien cratère circulaire (volcan ? impact de météorite?). Son origine géologique n’est pas déterminée mais la lagune est surtout un lieu sacré pour la communauté indigène des Muiscas. A l’arrivée des conquistadors, le peuple muisca était prospère grâce à la culture du maïs et à l’extraction du sel. La lagune de Guatavita, comme les autres lagunes de la région, jouait alors un rôle important dans l’initiation des caciques (chefs politiques amérindiens). La légende de l’Eldorado serait née de la découverte par les Espagnols de la cérémonie qui se déroulait en ce lieu sacré.
Isolé du village dès l’âge de 9ans, le futur cacique, choisi par son prédécesseur parmi les fils de sa sœur, est éduqué dans une grotte, jusqu’à ce qu’il soit jugé apte à accomplir le rite de passage. La cérémonie au protocole complexe s’achève dans la lagune : couvert d’une poudre d’or, le jeune homme attend les premiers rayons de soleil (symbole masculin) pour se plonger dans l’eau (symbole féminin). Les nombreux spectateurs jettent alors dans la lagune leurs offrandes : bijoux et statuettes en or, argent, émeraudes…
Lorsque les conquistadors, puis d’autres européens après eux, eurent vent de ces coutumes, ils n’eurent de cesse d’essayer de vider la lagune pour y récupérer ses richesses. Le peuple Muisca a largement souffert de ce sacrilège pour un bénéfice minime puisqu’encore une fois les objets retrouvés, d’une grande finesse, n’étaient pas en or pur (max 30% or).
